Färben

Die Schnitte sind nach dem Schneiden immer noch mit Paraffin durchtränkt und weitgehend durchsichtig. Die Gewebsstrukturen werden deshalb gefärbt. Dazu wird das Paraffin aus dem Gewebe zunächst ausgescholzen und die Reste mit einem Lösemittel herausgelöst. Anschließend wird das geschnittene Gewebe über eine Alkoholreihe wieder rehydriert und kann dann gefärbt werden.

In der Routinehistologie hat sich die Hämatoxilin-Eosin-Färbung durchgesetzt. Auf Grund der unterschiedlichen Ladung beider Farbstoffe werden unterschiedliche Strukturen in der Zelle angefärbt. Der blaue Farbstoff Hämatoxilin hat dabei als basischer Farbstoff eine Affinität zu den negativ geladenen Ribonukleinsäuren (DNA und RNA) und färbt deshalb Kerne blau an. Wenn sich im Zytoplasma wegen einer Stoffwechselaktivierung (z.B. bei einer Regeneration) sehr viel RNA enthält, ist das Zytoplasma ebenfalls basophil, d.h. vermehrt blau angefärbt. Die Proteine des Zytoplasmas und das extrazellulär gelegene Kollagen werden durch den sauren Farbstoff Eosin rot angefärbt.

Es gibt eine Reihe von weiteren Färbungen, die spezielle Gewebseigenschaften darstellen.

Nach der Färbung werden die Schnitte über eine aufsteigende Alkoholreihe wieder entwässert. Anschließend wird der Schnitt mit einem dünnen Deckgläschen, das mit einem Tropfen eines speziellen Harzes aufgeklebt wird, versiegelt und kann so mikroskopisch untersucht und befundet werden. Der Schnitt ist so Jahrzehnte haltbar und wird in dieser Form auch archiviert. Das Färben und Eindeckeln der Präparate erfolgt heutzutage meist automatisiert, die Industrie hat gerade in den letzten Jahren roboter-ähnliche Färbeautomaten entwickelt, die mit einer gewissen Intelligenz ausgestattet sind und durchaus mehrere Färbungen gleichzeitig ausführen.